Устойчивость к чёрной ножке наследуется полигенно, что подтверждается непрерывным вариационным рядом в расщеплении гибридов по резистентности к патогену. Наличие же высокой положительной корреляции между средними показателями устойчивости потомства и средней устойчивостью родителей указывает на аддитивный характер наследования данного признака. В гибридных популяциях наблюдается трансгрессивная изменчивость, позволяющая вести отбор гибридов, превышающих по устойчивости родительские формы. Наибольшее количество устойчивых гибридов получено в тех вариантах скрещивания, где обе родительские формы или одна из них были устойчивы.
Абсолютно невосприимчивых сортов картофеля к чёрной ножке не выявлено, но среди сортов отечественной селекции выделены относительно устойчивые: Агрономический, Веселовский, Волжанин, Воротьшский ранний, Вырыпаевский, Гатчинский, Голубизна, Дружный, Енисей, Екатерининский, Имандра, Искра, Идеал, Камераз, Кристалл, Лаймдота, Приобский, Седов, Смьюловский, Тулунский. Хибинский ранний. Южанин, Юго-Восточный (Шнейдер, Яшина, Ерохина, 1980). Кроме того, сущеидентифицированы сорта, сочетаюшце комплексную устойчивость к чёрной ножке и кольцевой гнили: Дарунок полей, Житомирянка, Немашевский поздний, Олев, Радуга, Смачный (Шнейдер, Яшина, Ерохина, 1980).
Повышенной и относительной устойчивостью к чёрной ножке характеризуются образцы диких и культурных видов: S. commersonii, S. chacoense, S. tarijense, S. berthaultii, S. microdontum, S. acaule, S. semidemissum, S. stoloniferum, S. polyadenium, Sjamesii, S. pinnatisectum, S. bulbocastanum, S. rybinii, S. phureja, S. sparsipilum, S. velascanum, S. demissum, S. kurtzianum, S. leptostigma, S. schickii, S. garciae, S. baergeri, S. angustisectum, S. verrucosum, S. stenotomum и др.
Особенно перспективен для селекции на устойчивость к чёрной ножке S. andigenum. Среди этого вида выделено большое количество образцов (особенно у колумбийских форм), устойчивых и относительно устойчивых по стеблям или клубням или сочетающих устойчивость стеблей и клубней. Многие из них обладают набором хозяйственно-ценных признаков, образуют ягоды, передают признак устойчивости потомству при внутривидовой и межвидовой гибридизации (Томчук, Вельская, Генералова, 1977; Власов, Переверзев, Бушкова, 1990).
Несмотря на отсутствие единого мнения о связи между проявлением мокрой гнили на клубнях и чёрной ножки на стеблях, Ж. Задина и К. Добиаш (Zadina, Doblas, 1976) установили тесную корреляцию между двумя типами устойчивости и рекомендует селекционный материал сначала испытывать на устойчивость к мокрой гнили, а затем резистентные к ней формы проверять на устойчивость к чёрной ножке. По их мнению, предпочтение нужно отдавать формам, устойчивым к мокрой гнили, а не только к чёрной ножке.
Для оценки устойчивости исходных форм и селекционных гибридов используют лабораторный и полевой методы. Лабораторный метод основан на искусственном заражении клубней или их кусочков и срезанных стеблей чистой культурой возбудителя. Инокуляцию проводят с учётом вирулентности возбудителя, оптимальной концентрации бактериальной суспензии и соблюдении благоприятных для развития болезни условий (Шнейдер, 1970).
Способы введения суспензии также разнообразны: инъекции медицинским шприцем; прокладывание кусочков фильтровальной бумаги, смоченной в суспензии; укол инфицированной иглой; введение бактерий в чечевички клубня под вакуумом; покрытие клубней смесью стерильной глины с бактериальной суспензией; прокол клубней в пуповинной части специальным штампом и обмакивание в суспензии; дозированное внесение суспензии микропипеткой в полость, предварительно пробитую в центре ломтика.
Для испытания надземной части растения на устойчивость к чёрной ножке срезанные стебли инфицируют медицинским шприцем и выдерживают в стаканах или колбах с водопроводной водой.
Полевой метод оценки основан также на искусственном заражении посадочных клубней и достоверен на поливных участках или в годы с избыточным увлажнением. Учитывают полевую всхожесть, развитие чёрной ножки и мокрой гнили клубней в период вегетации, при уборке и хранении. Методом пользуются на заключительных этапах селекционного процесса у небольшого числа отобранных образцов в течение 2 - 3-х лет (Шнейдер, Яшина, Ерохина, 1980).
Для диагностики бактериальных заболеваний в стеблях и клубнях с нечёткими признаками и выявления скрытой формы поражения применяют серологический метод, разработанный Ю. И. Шнейдером (1970) на основе капельного метода с использованием полиштаммовых сывороток.